V Chorvatsku Zákon o právním postavení náboženských společenství z roku 2002 široce definuje právní pozici náboženských společenství a pokrývá záležitosti jako financování státní správou, daňové zvýhodnění a náboženské vzdělávání ve školách. Registrace náboženských skupin není povinná. Nicméně je registrovaným skupinám poskytnut status „právní osoby“ a požívají daňové a další výhody.

Scientologická církev Chorvatska byla oficiálně zaregistrována jako náboženská organizace 22. prosince 2003 v Registru náboženských komunit Chorvatské republiky. Ministerstvo spravedlnosti nejen že uznalo Scientologickou církev Chorvatska, ale také uznalo náboženství Scientologie, takže v budoucnosti mohou být rovněž zaregistrovány další scientologické náboženské skupiny.